1、包含范围不同
双软认证包括软件产品评估和软件企业认证，软件企业认证是双软认证中的最后一步。
2、要求不同
双软认证：只要贵公司拥有一个能正常运行的软件产品，就可以申请“双软认证”。
软件企业认证：企业做双软认证是申请软件企业认定的必要条件，即企业具备双软资质之后才能被认定为软件企业。
3、优惠政策不同
双软认证让企业享受国家提供给软件行业的税收优惠政策。软件产品经登记生效后，自2000年6月24日起至2010年底前，对增值税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按17%的法定税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。
在我国境内设立的软件企业可享受企业所得税优惠政策。新创办软件企业经认定后，自获利年度起，享受企业所得税"两免三减半"的优惠政策，即自获利年度起，第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。